L’Accademia Pugliese delle Scienze non persegue fini di lucro e ha per scopo l’incremento delle Scienze Fisiche e Morali. Promuove studi e ricerche nei vari campi dello scibile e organizza sia seminari di altissima specializzazione che conferenze idonee a favorire la divulgazione della cultura scientifica. Gode del diritto di darsi propri ordinamenti, ai sensi dell’art. 33 Comma VI° della Costituzione, e assolve i propri compiti istituzionali in modo autonomo nei limiti stabiliti dalle leggi dello Stato. È formata da due Classi, una di Scienze Fisiche Mediche e Naturali e l’altra di Scienze Morali. Ciascuna Classe è composta di un numero massimo di 60 Accademici Ordinari e di un numero illimitato di Accademici Corrispondenti e Onorari. Fa parte della Unione Accademica Nazionale (UAN)  che consocia le Accademie Italiane con caratteri e fini nazionali esprimendone attualmente il Segretario Accademico. Fa parte altresì del Consiglio Esecutivo dell’UNASA (Unione Nazionale delle Accademie per le Scienze Applicate allo Sviluppo dell’Agricoltura, alla Sicurezza Alimentare ed alla Tutela Ambientale) nonché affiliata AICI (Associazione delle Istituzioni di Cultura Italiane).